Es el órgano de mayor autoridad administrativa de la Unidad Ejecutora Presupuestal, Titular del Pliego y Representante Legal del CAFED. Está a cargo de un funcionario designado por el Presidente del CAFED. Es responsable del cumplimiento de los objetivos y metas institucionales, conforme a las políticas impartidas por el Consejo Directivo. Entre sus principales funciones se encuentran:

• Proponer al Consejo Directivo los lineamientos generales de política integral, planeamiento estratégico, así como programas y presupuestos que se requieran para el desarrollo institucional del CAFED.
• Suscribir toda clase de contratos y convenios interinstitucionales de donación, crédito, préstamos y de cualquier otro tipo, sean civiles y/o comerciales.
• Proponer al Consejo Directivo la adopción de políticas de priorización de inversiones, en el marco de la normatividad vigente, buscando adecuarse a los cambios de las condiciones en el entorno institucional.
• Además, las que se encuentren en el Reglamento de Organización y Funciones.