Es el órgano encargado de asegurar la eficiencia en el uso del capital humano y recursos materiales y económicos que se requiera para el cumplimiento eficiente de objetivos y metas. Es responsable de los sistemas de Personal, Contabilidad, Tesorería y Logística, así como de las actividades de gestión documentaria. Depende funcional y administrativamente de la Gerencia General. Sus principales funciones son:

• Participar en la formulación de los objetivos, políticas y planes de desarrollo, así como el Presupuesto del CAFED, en coordinación con la Gerencia de Planificación y Presupuesto.
• Organizar, dirigir y supervisar los programas de capacitación de personal, con la finalidad de impulsar una cultura organizacional de calidad.
• Planear, organizar y optimizar la administración financiera del CAFED y proporcionar la información contable adecuada y oportuna para facilitar la toma de decisiones.
• Además, las que se encuentren en el Reglamento de Organización y Funciones.